El orígen del Ninjutsu o “El Arte del Ninja” viene de Japón y se remonta a China y de tierras más lejanas, desde hace 2500 años atrás, algunos registros incluso datan de fechas más antiguas a los 4300, años.

Las leyendas dicen que los Shinobi No Mono 忍の者 (popularmente llamados Ninja) estaban involucrados "detrás de escena" en la construcción de la nación Okume no Mikoto y operaciones del Emperador Jinmu en la subyugación de Yamato alrededor del 600 AC. Algunos antiguos documentos más viejos mencionan que el príncipe Shotoku (574-622 AC) era Shinobi. Durante la dinastía Tang (618-907 DC) dos personas de China, llamadas Hu Yao Yu y Zhang Wu Sheng trajeron sus artes marciales a las regiones montañosas de Iga (hoy la Prefectura de Shiga), donde enseñaron a los lugareños Hicho-jutsu y Senban-nage, entre otras artes. Otra leyenda nos cuenta la historia del General Yi Gou que huyó de la derrota militar en China y llegó a Ise en donde se escondió en las cuevas de Sada, cerca de Iga y practicó la meditación Zen. Yi Gou era un maestro de Hicho-Ongyō-Jutsu. Después de algunas generaciones estas enseñanzas se introdujeron en diferentes Ryu-Ha (Escuelas) de artes marciales.

A comienzos de 1900 Toshitsugu Takamatsu quien es considerado el “Último Ninja Histórico” aprendió tres escuelas de Ninjutsu (y seis escuelas más de Bujutsu tradicional) de tres maestros. Tuvo muchos aprendices, pero al final de su vida sólo quedó un verdadero estudiante, que fue Yoshiaki  Hatsumi (quien cambió su nombre a Masaaki - el mismo kanji pero diferente pronunciación). Masaaki Hatsumi entrenó con Takamatsu durante 15 años aprendiendo todo y en 1968, fue nombrado para ser el próximo Soke (Gran Maestro) de las nueve escuelas heredadas por su Sensei Takamatsu, quien murió el 2 de Abril de 1972 a la edad de 85 años. Hatsumi asumio el liderazgo de las nueve escuelas uniéndolas en un solo arte que llamó Bujinkan (武神館) "Salón de Entrenamiento del Guerrero Divino" en honor  a su Sensei.

Actualmente Bujinkan constituye la única escuela a nivel mundial heredera y poseedora del conocimiento y tradición del arte Ninja japonés que admite alumnos extranjeros.