A diferencia de la ficción, las Kunoichi fueron capacitadas de manera diferente a un Ninja masculino. Su formación se centró más en disfraces, venenos, y el uso de su femineidad como una ventaja. También fueron entrenadas en combate cuerpo a cuerpo, para que pudieran hacer uso de este conocimiento, en el caso de que fueran capturadas.

Por lo general, se disfrazaban de geishas, prostitutas, artistas, adivinas, sirvientas, para conseguir estar muy cerca del enemigo. Se cree que por lo general seducían a su víctima, y cuando se acercaban lo suficiente, los envenenaban, pero es igualmente posible que se disfrazaran de empleada doméstica, Lo que les permitía muchas oportunidades para escuchar la información o acercarse a la víctima.

Las Kunoichi escondían sus armas en sus disfraces, tales como agujas envenenadas en la cabeza y cuchillos en sus mangas. También es frecuentemente, podían usar un elemento inofensivo como un arma. Por ejemplo, podían romper los huesos con sus zapatos de madera, o poniéndole una hoja oculta en su abanico, o utilizar un paraguas como escudo momentáneo.

Esta es la lista de habilidades en la cual también eran entrenadas las Kunoichi: