Entre 1939 y 1945, durante la Segunda Guerra Mundial, no se sabe muy bien cuál fue su trayectoria, este material continuo/a siendo de carácter clasificado por la inteligencia japonesa. En 1945, terminada la guerra, el ejército americano ocupa Japón y prohíbe las artes marciales.

En 1951, después del fin de la prohibición, crea el Centro Japonés de Estudios sobre las Técnicas Marciales (Nihon Bujutsu Kenkyu Jo). Publicó su primer libro en 1953, que basó sobre la Shindo Muso Ryu. Su segundo libro vería la luz en 1958, el cual se título “Gokui Toshin Sappo Satsu Kappo Meikai” (Estudio de los Puntos Vitales Mortales o los que sirven para reanimar), este ultimo basado según se afirma en las investigaciones de Fujita en el "Centro Nacional Japonés de Investigación sobre las Técnicas Guerreras Ancestrales", creado por el Estado Mayor del ejército japonés en 1944, en donde el oficial al mando fue Seiko Fujita. Este órgano era la encargada de efectuar investigaciones, testando directamente los puntos vitales de los prisioneros de guerra, el cual tenía a varias unidades de investigación que experimentaban con los puntos vitales minuciosamente, entre ellas a la temible unidad 731.

Pero el prestigio de Seiko Fujita, se debe a sus demandas como el 14to Soke del Koga Ryu Wada Ha, que como sistema de Ninjutsu, colocaba en la historia a Fujita como uno de los últimos maestros de la ancestral Koga Ryu Ninjutsu. Durante su vida, la asociación Fujita Seiko con Ninjutsu de Koga agregó una mística a su reputación que atrajo la atención a él y a su arte marcial. Si bien Fujita Seiko afirmaba ser un maestro de Ninjutsu, nunca dio clases pública de su sistema de Ninjutsu limitándose a enseñar solo Nanban Sato Ryu Kenpo, En Ryu Jojutsu y Shingetsu Ryu Shurikenjutsu.

 
Hoy día esto es tomado por muchos como base para afirmar que Fujita no dominaba el arte del Ninjutsu, contrariamente a los grandes maestros de su época que no dudaron jamas de los conocimientos de Ninjutsu de Fujita, entendiendo perfectamente las razones de Fujita para no revelar como marcaba la tradición del autentico Ninjutsu, los conocimientos considerados secretos al publico u a personas ajenas al clan, lo cual rebelaba a aquellos maestro el correcto proceder tradicionalista de Fujita.

La opinión negativa de Seiko Fujita en la comunidad marcial occidental, es resultando de la asociación involuntaria y errónea de Seiko Fujita con los distintos Ninjutsu fraudulentos de Koga, estas afirmaciones habrían causado una gran sorpresa a Fujita y a sus contemporáneos.

La documentación histórica demuestra que Fujita era artista marcial respetado y contaba entre sus amigos muchos de los mejores artistas marciales de sus días, entre ellos estaban grandes maestros como Mabuni Kenwa, fundador de Shito-Ryu Karate; Taira Shinken, fundador de Ryukyu Kobudo Honzon Shinko Kai; y Konishi Yasuhiro, fundador del Shindo Shizen Ryu y estudiante de Nanban Sato Ryu Kenpo bajo guía de Fujita. Su círculo también incluyó muchos otros maestros de Okinawa, incluyendo Funakoshi Gichin, fundador de Shotokan Karate. Mientras que Seiko Fujita es detractado por los practicantes modernos del Ninjutsu considerado oficial, muchos de los grandes estilos de Okinawa asocian su linaje marcial a la figura excepcional de Seiko Fujita. Por ejemplo, la genealogía moderna del linaje de la Ryukyu Kobudo coloca Fujita entre los iconos junto a Funakoshi, Taira, y Mabuni. La carta de linaje lo menciona como Seiko Fujita "Ninja", una muestra de la mística conexión de Seiko Fujita con la tradición del Ninjutsu de Koga, que lo revalidaban entre sus contemporáneos y estudiantes. El nivel del respecto Seiko Fujita gozaba entre sus contemporáneos queda evidenciado en el hecho de que los artistas marciales más prominentes de la época, enviaron a sus estudiantes más prometedores a perfeccionarse con Seiko Fujita.

Dos de estos estudiantes en particular, Inoue Motokatsu e Iwata Manzo, se convirtieron en Grandes Maestros bajo su guía, y experiencias, y son vitales al ilustrarnos en cuanto al nivel del respeto y las capacidades de Seiko Fujita gozaba entre sus contemporáneos.  Además sus entrenamientos bajo las ordenes de Fujita nos provee la evidencia de las intenciones de Fujita con respecto la preservación y a la transmisión de sus varios sistemas marciales, en particular de su Koga Ryu Wada ha.

Es esta perspectiva, en lo refiere la asociación de Seiko Fujita con los artistas marciales más respetado de su época, como el entrenamiento de Inoue y de Iwata lo que hace que sea especialmente instructivo para nosotros como aval de sus afirmaciones, particularmente con lo relacionando con su reclamo de su Koga Ryu Wada ha.

Fujita como el heredero legítimo del Koga Ryu Wada Ha, fue aceptado fehacientemente por sus contemporáneos y por la respetable Bugei Ryuha Daijiten, proporcionando pruebas para las demandas de Seiko Fujita Seiko como el heredero legítimo del linaje del Ninjutsu de Koga Ryu. Es de destacar muy especialmente que Fujita ya en 1936 había escrito un libro llamado Ninjutsu Hiroku, (Ninjutsu en Profundidad) lo cual demuestra que por lo menos 30 años antes de su muerte y décadas antes de auge del Ninjutsu en Japón y occidente, Fujita ya demandaba haber heredado la Koga Ryu Wada Ha como su 14to Soke.

Por otra parte a luz de su muerte el 4 de enero de 1966, se torna de vital importancia develar toda duda sobre de la controversia si Seiko Fujita heredó de verdad un linaje legítimo de Ninjutsu, y lo más relevante, aportar las pruebas pertinentes sobre si Seiko Fujita señaló un sucesor de este sistema de Ninjutsu.

La cuestión se convierte en más que relevante dado que el expediente histórico debe apoyar las demandas de herencia de la Koga Ryu Wada Ha por los numerosos individuos que han proclamado concurrentemente ser sucesores lineales de Seiko Fujita y su Koga Ryu. Para tratar de arrojar luz sobre la controversia, someteremos a examen las posibles líneas sucesorias de Seiko Fujita en lo referente a su sistema de Ninjutsu.

El primero de los estudiantes de Fujita que examinaremos es Inoue Motokatsu, el cual era descendía de una familia noble. El padre de Inoue era general del ejército y su madre era la hija de Inoue Kaoru, ministro del Japón. La posición privilegiada de Inoue le dio acceso a las oportunidades no comúnmente disponibles para otras personas. Por su condición social Inoue comenzó el entrenamiento como era acostumbrado en las tradiciones de Bujutsu a temprana edad.

El primer profesor de Inoue fue Seiko Fujita, quien servía como guardaespaldas de su padre. Según propias palabras de Inoue, este consideraba Fujita como "un artista marcial muy misterioso" y "un verdadero Maestro, capaz de muchas hazañas extrañas, incluyendo la capacidad de no sentir dolor". Inoue describe al estilo de Fujita como muy diferente a las artes marciales más populares como el Karate y el Aikido. Según Inoue, Fujita pensaba que el Karate era "demasiado lineal," y que el Aikido era "demasiado circular." Inoue describió el estilo de Fujita como "Una forma muy agresiva de Jujutsu".

A los 18 años, Inoue gozaba ya de una buena comprensión de Jujutsu, de Shurikenjutsu y de Jojutsu, por lo que Fujita lo animó que se hiciera perito en una amplia gama de artes marciales, al extremo que ordenó a Inoue que estudiara Okinawa Kobudo con Konishi Yasuhiro, estudiante de Nanban Sato Ryu Kenpo de Fujita, y fundador de Shindo Shinzen Ryu, y posteriormente con Taira Shinken, hombre considerado por muchos como el más grande maestro de armas del Kobudo de Okinawa de sus día.  Mientras que hay evidencia clara e irrefutables que Inoue aprendió mucho de Seiko Fujita, Inoue no demandó jamás haber aprendido Ninjutsu, ni hay ninguna evidencia que sugiera que Fujita pasó en los secretos de Koga Ryu Wada ha a su joven aprendiz. De hecho, el entrenamiento de que impartía Fujita a sus estudiantes parece haber sido ecléctico y animaba a Inoue y otros, a que estudiasen una amplia gama de artes marciales.

Cuando Fujita finalmente dio permiso a Inoue de abrir un Dojo en 1948, este debía enseñar el Karate-Jutsu de Yui Shin Kai, un estilo compuesto qué Fujita había nombrado y co-fundador, y este conservaba cualidades del Bujutsu tradicional, como Jujutsu y Shurikenjutsu.  Inoue también enseñó el Kobudo tradicional Ryukyu Kobojutsu que había aprendido de Konishi y de Taira. No hay mención de parte de Inoue al Ninjutsu entre las técnicas que le fueron enseñadas por Fujita. De hecho, la única mención de Inoue del arte del Ninjutsu era acreditar, su mentor, Seiko Fujita, como 14to Soke del Koga Ryu Wada Ha.

Otro de los estudiantes prominentes de Fujita fue Iwata Manzo, estudiante que fue referido Seiko Fujita por el Gran Maestro Kenwa Mabuni, fundador de Shito Ryu Karate. Mabuni era conocido como un artista marcial importante y talentoso, y como un maestro con mentalidad abierta, que estaba interesado en la investigación y la preservación de las artes marciales japonesas. Mabuni fundó un grupo de estudio de artes marciales en su hogar que fue lugar de reunión de muchos de los más grandes maestros de Okinawa, incluyendo Chibana Chosin, Funakoshi Gichin, Shiroma Shinpan, Tokuda Anbun, Oshiro Choju, Tokumura Seicho, e Ishikawa Hoko.  Mabuni quien estaba bien enterado de las deficiencias de cada sistema, decidido incluir las técnicas tradicionales de Bujutsu, tales como Waza Gyaku y las Waza Nage en su Shito Ryu Karate. Estas técnicas se mencionan en Shito Ryu Karate, y son asociadas al amigo de Mabuni, Fujita Seiko y su Koga Ryu Ninjutsu. La inclusión de estas técnicas en su sistema da testimonio del respecto de Mabuni por las capacidades marciales de Seiko Fujita. Este hecho fue demostrado más a fondo cuando Mabuni decidió que su estudiante superior, Iwata Manzo, estudiara el arte del Palo Corto conocido como Jojutsu, y lo recomendó así a Seiko Fujita, maestro de En Ryu Jojutsu.

Iwata fue llevado al Dojo de Sensei Mabuni el 9 de febrero de 1924 a la edad de 10, para ser entrenado en Shito-Ryu Karate.  Iwata Manzo como muchos hombres jóvenes de su día también aprendió Judo y Kendo. Un amigo de su padre, Ueshiba Morihei el fundador del arte, también lo instruye en Aikido. Aproximadamente a los 18 años, Iwata comenzó a entrenar directamente con el Sensei Mabuni, lo que lo conduciría a su puesto de aprendiz con Seiko Fujita.  Iwata fue entrenado por Fujita en el arte de Jojutsu por muchos años, y en 1943, Iwata fue honrado por Seiko Fujita como Shihan de En Ryu Jojutsu de Dai. Durante los años siguientes Iwata continuó entrenando con Fujita como su Uchi-Deshi (Aprendiz Principal). En 1948, Iwata fue dotado por Fujita con el título del Soke, ordenándole a que asuma todo el conocimiento hereditario de Nanban Sato Ryu Kenpo y Shingetsu-Ryu Shurikenjutsu de Fujita Seiko.

Iwata fue más adelante honrado en su carrera como el Hanshi de Shito Ryu Karate, y posteriormente en una reflexión, rendiría sus respectos a Fujita Seiko diciendo, "todos lo que obtuve de Fujita Sensei fue un activo valioso y estoy particularmente agradecido por la recomendación de Mabuni Sensei," un ofrenda considerable de gran respeto, de un hombre que había estudiado con los iconos marciales de su época entre los que se contaban Ueshiba y Mabuni. La confianza depositada en Iwata Manzo por Fujita, fue demostrada por la herencia a Iwata de tres de los sistemas de Fujita, proporciona una visión interesante sobre la manera que Fujita vio su más resguardado sistema marcial, a saber su Koga Ryu Wada ha.

Surge entonces el interrogante ¿si se asume que la herencia demandada por, Fujita Seiko era real, cuál fue entonces, la razón que lo refrenó de pasar la Koga Ryu Wada Ha, uno de sus estudiantes más destacados?

Es evidente entonces por lo expuesto que es clara la carencia de pruebas que sugieran que Fujita Seiko pasara su Koga Ryu Wada Ha a alguien, especialmente cuando es puesta en contraste, con la manera clara y comprobable con la que Seiko Fujita confirió tan claramente sus otros sistemas a Iwata Manzo.

Esto sugiere fuertemente que Seiko Fujita no legó a nadie su Koga Ryu Wada Ha. Sin embargo, la ausencia de evidencia definitiva y otras insatisfactorias en demandas actuales entran en conflicto con linaje y comportamiento de Fujita. Este hecho complica bastante el caso, más aun cuando uno considera que más de uno de los muchos que demandan ser herederos del Koga Ryu Wada Ha de Seiko Fujita han sugerido que Fujita utilizo la antigua metodología del Ninjutsu, y la transmisión de su Koga Ryu Wada Ha en secreto.

Afortunadamente esta situación insatisfactoria es tratada por Fujita mismo, según lo registrado en el expediente histórico. Estos expedientes tratan la ambigüedad evidente en cuanto al Koga Ryu Wada Ha. Estos expedientes históricos se ocupan específicamente del por qué Seiko Fujita pasó todos sus sistemas marciales con claridad a Inoue e Iwata, a excepción de uno: el Koga Ryu Wada Ha, el sistema que era el pilar central de su reputación como artista marcial.

Para entender las profunda razones por las que Fujita Seiko decidío resguardar su sistema de Ninjutsu y a su vez legar en sus otros sistemas condenados a la extinción en un Japón pre-moderno, requiere la reflexión sobre la naturaleza de Ninjutsu en la historia japonesa.  Al contrario de las artes del Samurai que se habían desarrollado en Japón con la larga paz del periodo Tokugawa, y todavía fomentadas después de la modernización del periodo Meiji, el Ninjutsu, en contrapartida había sido siempre un subcultivo subterráneo e ilegal que permanecía más allá del alcance de los impactos de los decretos del gobierno.

Donn F. Draeger en su libro, "Budo el arte clásico y las costumbres del Japón", vol. II. Nos recuerdan que Ninjutsu se había desarrollado entre las clases oprimidas y que dependían del secreto para la supervivencia. Él escribe "eran considerados "no Humanos" o Hinin" (página 19). Draeger entonces menciona que el Ninja provenía a menudo de esta clase evitada, los Hinin, y así el Ninjutsu había prosperado siempre por la misma razón; porque era un sistema cerrado, que fue ocultado totalmente de cualquier persona fuera de su círculo inmediato de la familia o clan.

Había sido práctica histórica, por lo menos desde la larga paz del periodo Tokugawa, para el heredero de un sistema de Ninjutsu destruir todos los expedientes y secretos de un sistema si no se encontraba a ningún heredero digno.

Esta práctica se convirtió en el recurso común de los herederos de Ninjutsu, mientras que la estabilidad de la nueva era relegó sus habilidades, convirtiéndolas en algo arcano e irrelevante y obligando a los maestros de Ninjutsu a encarar vocaciones pacíficas para mantener a sus familias. Esta práctica condujo a la eventual extinción del arte, esto era considerado un hecho poco antes del siglo veinte. Además, había sido siempre aceptable destruir un sistema para prevenir que cayeran en desprestigio o sea mal utilizado.

Hay evidencia para sugerir que ésta es exactamente la manera que Seiko Fujita percibió la situación, pues estas circunstancias reinaban cuando él entrenaba a Inoue y a Iwata.